非靶向代谢组学

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本文地址:http://www.kcntq.com/Non-targeted-metabolism.htm
文章摘要: 非靶向代谢组学,出汗多得失参半酸味,匿迹销声公司股东震天雷。

新陈代谢网络是十分复杂的网络,特别是人体的代谢网络,一直被认为是最复杂的代谢网络。现在多数信号通路的研究都是集中在代谢网络的一个很小的领域。基因组学、蛋白组学研究已经揭示了部分调节通路,但是和代谢网络直接相关的是代谢产物。从茫茫多的代谢产物中选取研究对象,无疑是大海捞针。非靶向代谢组学又称为发现代谢组学,主要是将对照组和实验组的代谢组(某一生物体的全部代谢物)进行比对,以找出其代谢物的差异。代谢组学研究通过一定的手段能够帮助研究员从代谢产物海中跳出来,提供一个“航拍”的视角,一目了然地发现差异性代谢产物。然后通过已知的代谢通路逆推找出调节酶和基因,完成疾病发病机制、药物治疗机制等方面的研究。

分析流程
非靶向代谢组学的一般分析流程为
  • 代谢谱分析(也称为差异表达分析):在一组实验和对照样品中,寻找丰度改变有统计学意义的感兴趣代谢物;
  • 鉴定:进行代谢谱分析后,测定这些代谢物的化学结构;
  • 解释:研究流程的最后一步,解释所发现的代谢物与生物过程或生物状态之间的关联。
技术路线

数据平台

1. NMR(核磁共振)
最大的优势是对样品无破坏性,测定无偏向性,即适用于血液、尿液体液等液体样品,也适用于组织和器官等固体样品,并且测定速度快,可实现样品代谢组的动态监测,缺点主要是分辨率较低。

2. GC-MS(气相色谱)
GC-MS是代谢组学研究的经典技术,具有技术成熟稳定、分辨率高等特点,同时,由于具有相对完善的数据库,使得定性也更为准确,缺点则主要表现在样品处理复杂,并且对于不易衍生化的物质定性和定量较困难,影响了该技术在更大范围内的 用

3. LC-MS(液相色谱)
优势主要表现在样品制备和前处理简单、实验重复性好,分辨率高,分离和分析范围广,缺点则主要表现在数据库完善程度不够,定性相对困难.

样品要求
血清:
1、样品量要求:
NMR: 500μl/例 (不得低于200μl/例);GC-MS or LC-MS:  200μl/例;
一定避免反复冻融。
2、收集步骤:血液收集在离心管中静置30分钟进行凝固。然后3000rpm离心5分钟,取上清装载干净的离心管中,再离心5分钟,8000rpm,取上清分装到冻存管中,每管0.2 or 0.5ml,立即-80度冻存,直到干冰寄送。
3、注意事项:
(1)取血时如用酒精消毒,请擦干擦拭部位,待酒精完全挥发后再取样。
(2)取血时如用麻醉剂,建议用异氟醚 ,防止在NMR血清谱图中出现干扰峰。
(3)如要采用血浆,请务必使用肝素钠抗凝管。
尿液:
1、样品量要求:1ml/例,原则上可以多取一点。
2、收集步骤:尿液直接分装到离心管中,每管1ml,添加一滴(约10μl)质量体积为1/100(w/v)的叠氮化钠,-80度冻存寄送。
瘤胃液:
1、样品量要求:1ml/例,原则上可以多取一点。
2、收集步骤:瘤胃液经 6000×g 离心15min,取上清,分装, -80℃冷冻保存,干冰寄送。
为了让样品能保存更长的时间,取样之后可添加一滴(约10μl)质量体积为1/100(w/v)的叠氮化钠溶液。

其他种类的样品在收集之前请联系公司销售工程师。