AbSeq?抗体测序

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本文地址:http://www.kcntq.com/AbSeq-TM.htm
文章摘要: AbSeq?抗体测序,请自觉大连房地楚王,强龙不压寒毛重修旧好。

北京安必奇生物科技有限公司独家代理美国Creative Biolabs公司,世界最先进的全新一代抗体测序平台,采用DASS(Database Assisted Shotgun Sequencing)技术,结合现有技术的优势,可对抗体进行卓越、快速、精准的分析。它是基于目前世界上最先进的质谱技术打造的抗体测序平台。除了能够对抗体序列在10个工作日内完成例行测序外,这项技术还适用于其它亚型和不同形式的抗体,如:IgM,荧光偶联抗体,固定化抗体,不同物种的抗体等。

Creative Biolabs公司简介:

Creative Biolabs作为全球优质的抗体定制服务供应商,专注于单克隆抗体的生产和工程领域。利用各种抗体文库技术(包括噬菌体展示、细菌展示和酵母展示)以及杂交瘤技术,实现对人、猴、兔、羊、鸡、狗、骆驼、羊驼、牛、小鼠、大鼠、豚鼠及鲨鱼的单克隆抗体生产。此外,在抗体大规模制备服务方面,在同行业中也具有较高的竞争力。包括:利用细菌生产的单链抗体、双功能抗体、串联scFv、miniantibody和Fab,以及哺乳动物细胞表达minibody、嵌合抗体和IgG。

一、平台特点

Creative Biolabs采用 DASS(Database Assisted Shotgun Sequencing ) 技术,通过使用最先进的质谱仪和强大的数据处理算法,生成大量序列信息,进而运用最新计算程序对MS/MS光谱从头测序,利用其独特的内部数据挖掘工具保证我们从上万条MS/MS光谱数据中提取目标抗体序列信息。

AbSeq?抗体测序
  • 运用DASS技术对V、J、C片段测序

目前世界上的一些数据库(如NCBI)虽然包含抗体V、J、C片段序列,但是在抗体成熟的过程中,一个B细胞中的抗体基因要经历体细胞突变的过程才会产生高亲和力的成熟抗体。Creative Biolabs的独特的计算方法容错率高,并能匹配相应物种的突变肽段,结果精确、可靠。保证每条肽段都会被检测到,而且每一个氨基酸位点都会生成20-27条MS/MS光谱,因此,对于最难测序的高脯氨酸(proline)和精氨酸(arginine)肽段也可实现测量,而且不需要再进行额外的Edman测序来辅助测序。

  • CDR3区测序

抗体轻链的 CDR3 区多由胚系基因编码,而重链的 CDR3 区则由 D 基因编码。D基因大部分区域由于受到核酸酶及末端转移酶等重组酶的作用而发生基因重排,导致抗体重链 CDR 区在数据库中无法进行同源比对。一般来说,一个成熟的抗体只有 1-4 个氨基酸是由 D 基因编码的,而其他序列都是基因重组排的结果,而只能对其进行 de novo 测序。

通过多种酶切来产生多种互相重叠的肽段,以测得较长的未知氨基酸序列。高质量的质谱数据域高效率的数据挖掘算法的结合,使我们对抗体 CDR3 区域的解读更为有力,最终可以测得数据库中无同源序列的,20kDa的蛋白。

  • 等重氨基酸测序

与其他基于MS测序方法不同的是,此技术平台可以分辨大多数等重氨基酸复合物。
如:W 可从GE、AD、SV中区别出来(MS);
       R 可从GV中区别出来(MS);
       Q 可从GA、K中区别出来(Fragment spectra 和 MS);
       N 可从GG中区别出来。

AbSeq?抗体测序 二、平台优势
  • 全序列覆盖:

传统的抗体测序技术都无法做到全序列覆盖,传统的技术几乎全部都得借助部分数据库中的信息。即,实测一部分,预测一部分。而DASS平台可以保证100%全序列覆盖,对于抗体的可变区更是每个位点至少覆盖4次。通过这样高频度的覆盖,可以充分保证测序结果的精度。

  • 最先进的数据处理算法

DASS采用专业的质谱软件 PEAKS Mass Spectrometry Software,数据算法在该领域中最为先进。它远比2008年Nature杂志发表的de novo单抗鸟枪法测序(Bandeira et al, 2008)中所用的算法先进,能够对任何抗体的超变区进行准确鉴定。

  • 高精度

Creative Biolabs拥有高精度的Orbitrap Elite测序仪,其可以轻松突破传统测序技术带来的分辨率低的限制,可以同时匹配3800个肽段。传统技术很难区分分子量接近的氨基酸(如谷氨酰胺和赖氨酸分子量差异仅为0.03D),而DASS则可以轻松克服这些由传统技术带来的短板。DASS已经超过MALDI-TOF时间飞行质谱的精度,正成为世界范围内从事抗体研究和抗体药物研发的科学家们的新宠。

  • 可对荧光标记单抗、IgMs、及其他非传统抗体进行测序

DASS通常不受小基团(如FITC、Biotin、Alexa)的影响,虽然较大的蛋白基团会给测序带来难度,但若提供较高浓度的蛋白仍可成功测序,因为测序质量与提供的样本量相关。

  • 对IgM的测序方法与 IgG 类似,只是需要的样本量更多。
  • DASS非常适用于小鼠源和兔源抗体,此外目前已经有大于50个来源于仓鼠和羊的抗体也被成功测序。
  • 化学或者生物欧联的抗体也可被成功测序,只是需要的样品量更大。
  • 许多杂交瘤细胞产生2条轻链,其中一条为无义链,也可对这些抗体混合物进行测序。
AbSeq?抗体测序 三、服务优势
  • 可定制抗体片段测序

Creative Biolabs可根据客户需求,可选择只测定抗体的轻链、重链或者可变区。另外,偶联的抗体和IgM等少见抗体亚型的测序也都可定制。

  • 时间花费全行业最低

技术革新带来的是时间成本的降低,DASS平台的时间花费是传统测序方法的一半以下,Creative Biolabs在收到样品后,3-10个工作日内即可完成全序列测定。

  • 样品质量要求更低

仅需要提供25-100μg纯化的抗体。

  • 保证100% 测序准确度
  • 数据结果可靠

98% 的被检测抗体的表现与原抗体相当或者更好。

  • 经验丰富

已圆满完成超过400个单抗测序项目。

  • 测序种类多样

可对荧光标记单抗、IgMs、及其他非传统抗体进行测序。

四、我们承诺
  • 100% 覆盖 VJC 和 VDJC 区域。 
  • 每个氨基酸位点至少覆盖4个不同的肽段。
  • 对轻链的测序误差范围在+/- 1.2 Da,对重链的误差范围在+/- 1.8 Da。
五、样品要求
普通 IgG 和偶联修饰基团(FITC,Alexa,Biotin) 的 IgG:需要 25-100 μg 样品,如能提供 200 μg样品效果会更佳。
含有 BSA 的单抗,羊源或者兔源,IgM,固定化的单抗,以及偶联大修饰基团(PE,APC)的单抗:需要经过特殊样本处理,一般 500 μg  样品可满足测序。
六、合作伙伴

自DASS技术成功推出以来,Creative Biolabs已经成功地为哈佛大学医学院、康奈尔大学、加州理工大学、耶鲁大学、德克萨斯大学西南医学中心、加州大学伯克利分校、麦吉尔大学、英属哥伦比亚大学、牛津大学、剑桥大学、奥斯陆大学、哥本哈根大学、苏黎世大学、洛桑联邦理工学院、柏林自由大学、波恩大学、昆士兰大学、澳大利亚国立大学、阿卜杜拉国王科技大学、新加坡国立大学、南洋理工大学、香港科技大学、香港大学、清华大学、厦门大学等世界顶尖级高校提供过成功的抗体测序服务;同时DASS平台因其世界最先进的技术优势,也吸引了诸多国际研究所的青睐。到目前为止,Creative Biolabs已经为来自NIH、Scripts研究所、马克斯?普朗克科学促进学会和瑞典卡罗林斯卡研究所等科研机构的科学家们提供过全新一代抗体测序服务。Creative Biolabs的技术平台同时也吸引了一大批制药企业的目光,利用此技术平台做的项目目前已有数个进入临床试验阶段。